1. 결론부터: 받은 이익에서 자기부담분을 차감합니다
동일한 대주주가 합병법인과 피합병법인 주식을 동시에 보유한 상태에서 불공정합병 이익을 계산할 때에는, 피합병법인 주주로서 받은 이익만 보아서는 부족합니다. 그 대주주가 합병법인 주주로서 부담한 몫도 함께 보아야 합니다.
이 사례에서는 전체 합병이익이 13,333,000,000원이고, 甲이 B법인 주주로서 받은 이익은 9,333,100,000원입니다. 다만 甲은 A법인 지분 40%도 가지고 있으므로, 자기로부터 이전된 것으로 보는 5,333,200,000원을 차감합니다.
사례의 결론
甲의 과세대상 합병이익 = 9,333,100,000원 - 5,333,200,000원 = 3,999,900,000원
2. 이 글의 핵심 쟁점
이 사례가 헷갈리는 이유는 甲이 한쪽에서는 이익을 얻는 사람이고, 다른 한쪽에서는 이익을 이전해 주는 사람처럼 보이기 때문입니다. 그래서 실무상으로는 곧바로 과세대상 금액을 계산하기보다 다음 순서로 나누어 보아야 합니다.
- 전체 합병이익이 얼마인지 먼저 계산합니다.
- 甲이 B법인 주주로서 받은 이익을 계산합니다.
- 甲이 A법인 주주로서 부담한 자기부담분을 계산합니다.
- 받은 이익에서 자기부담분을 차감해 외부수증 이익을 계산합니다.
3. 사실관계와 숫자 전제
A법인이 B법인을 흡수합병하고, 甲은 A법인 지분 40%와 B법인 지분 70%를 동시에 보유하고 있는 전제입니다. 합병비율 때문에 B법인 주주에게 전체 13,333,000,000원의 합병이익이 발생하는 구조로 정리합니다.
4. 법령과 기본통칙의 기준
상증세법 제38조는 특수관계에 있는 법인 간 합병으로 대주주등이 이익을 얻은 경우, 그 이익 상당액을 증여재산가액으로 보는 구조를 둡니다. 구체적인 합병이익 계산방법과 기준금액은 시행령 제28조에서 확인합니다.
이 글의 핵심은 시행령 계산식 다음 단계입니다. 상증세법 기본통칙 38-28...3은 동일한 대주주가 증여자와 수증자 모두에 해당하면, 그 대주주 본인으로부터의 증여에 해당하는 금액을 증여재산가액에서 제외한다는 취지를 둡니다.
1997년 예규를 볼 때의 주의점
국세청 1997. 2. 12. 재재산46014-46은 대주주가 합병당사법인들의 지분을 동시에 소유한 경우의 계산방법을 제시한 자료입니다. 다만 구 상속세법 체계의 표현을 사용하므로, 실제 사안에서는 현행 법령 요건과 구체적 사실관계를 별도로 검토해야 합니다.
5. 왜 40%를 70%로 나누는가
처음 보면 甲의 자기부담분을 9,333,100,000원에 A법인 지분율 40%만 곱하면 될 것처럼 보입니다. 그러나 9,333,100,000원은 전체 합병이익이 아니라, 전체 합병이익 중 甲이 B법인 지분 70%로 받은 금액입니다.
따라서 먼저 甲의 받은 이익을 전체 합병이익으로 환원한 뒤, 그 전체 합병이익에 A법인 지분율 40%를 적용해야 합니다.
산식의 의미
9,333,100,000원 ÷ 70% = 13,333,000,000원으로 전체 합병이익을 되돌린 뒤, 여기에 A법인 지분율 40%를 적용하면 자기부담분 5,333,200,000원이 됩니다.
6. 실무 체크리스트
이 구조는 단순 산식 문제가 아니라 적용 요건 확인이 함께 필요한 영역입니다. 특히 구법 예규의 산식을 현행 사안에 적용할 때에는 사실관계를 먼저 고정해야 합니다.
- 특수관계 법인 간 합병으로 상증세법 제38조 및 시행령 제28조 적용대상인지 확인합니다.
- 해당 주주가 대주주등 요건을 충족하는지 확인합니다.
- 합병대가가 주식등 교부인지, 주식등 외 재산 지급인지 구분합니다.
- 합병비율과 평가액 기준으로 어느 법인의 주가가 과대평가되었는지 확인합니다.
- 합병 후 1주당 평가가액, 평가기준일, 비상장법인 평가방법을 확인합니다.
- 시행령 제28조 제4항의 기준금액 요건을 충족하는지 확인합니다.
- 동일인이 수익 쪽 지분과 부담 쪽 지분을 모두 보유하는지 확인합니다.
- 구법 예규 산식을 그대로 적용하기보다 현행 법령 요건과 사실관계에 맞게 재검토합니다.
7. 자주 생기는 오해
세 줄 요약
- 동일 대주주가 양쪽 회사 지분을 보유한 불공정합병에서는 받은 이익과 자기부담분을 함께 보아야 합니다.
- 사례상 甲의 과세대상 합병이익은 9,333,100,000원에서 5,333,200,000원을 뺀 3,999,900,000원입니다.
- 40% ÷ 70% 산식은 받은 이익을 전체 합병이익으로 환원한 뒤 자기부담분을 계산하는 과정입니다.
Disclaimer
본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 작성된 것이며, 개별 사안에 대한 세무자문 또는 법적 의견이 아닙니다. 실제 세무 처리는 사실관계, 적용 법령, 최신 판례와 유권해석에 따라 달라질 수 있습니다. 기준일은 2026.07.03입니다.